Von den Archäologen freigelegt wurden auch in den Fußboden integrierte Kanäle, die im frühen Mittelalter vielleicht als Heizung dienten und das Gebäude erwärmten. Die Johanniskirche war die erste Mainzer Bischofskirche. Im Jahr 1036 gab sie diesen Rang an die benachbarte Nachfolgerin ab, den heutigen Mainzer Dom, und wurde zur Stiftskirche umgebaut.
Zu den Erkenntnissen der Grabung gehört, dass der Kirchenkörper 12 bis 16 Meter hoch war. Auch wurden großflächige Teile eines gotischen Fliesenfußbodens gefunden, der laut Evangelisches Dekanat zeigt, wie prachtvoll die Kirche ausgestattet war. Im Osten wurden Überreste großdimensionierter Fenster gefunden.
Die im Sommer 2013 begonnenen Grabungen beschäftigen sich mit Fragen zu den Anfängen der Kirche in der Merowingerzeit und Bezügen des Bauwerks zur Spätantike. Die Kosten betrugen mehr als vier Millionen Euro. Getragen werden sie von der Evangelischen Kirche in Hessen und Nassau, dem Evangelischen Dekanat Mainz sowie dem Land und dem Bund.
Im kommenden Jahr soll im Westteil der Kirche eine Plattform eingebaut werden. Dort können im Sommer Andachten, kleine Gottesdienste und Führungen durchgeführt werden. Derzeit kann die evangelische Gemeinde die Johanniskirche nicht für Gottesdienste nutzen. Gleichzeitig wird ein verkleinertes Team weitere Forschungen vor allem um die Kirche herum angehen.