„Damit ist sie fast 250 Jahre älter als bisher angenommen und das bedeutendste noch weitgehend erhaltene Baudenkmal dieser Epoche nördlich der Alpen“, betonte Kulturministerin Vera Reiß. Weiter sagte sie: „Da aus dieser Zeit so gut wie keine baulichen Zeugnisse mehr existieren, sind die Ergebnisse der Forschungen an St. Johannis wirklich außergewöhnlich. Nun müssen wir anhand von Quellen, die auch selten sind, klären, wer der Bauherr gewesen sein könnte. Die Geschichte ist und bleibt wirklich eine sehr spannende und außergewöhnliche. St. Johannis nimmt eine überregional bedeutende Rolle in der Kirchengeschichte ein.“
St. Johannis wurde innerhalb eines großen spätantiken Bauwerks errichtet, dessen Mauerwerk zum Teil in den Neubau integriert wurde und daher heute noch bis zu zehn Meter hoch erhalten ist.
Unter Erzbischof Hatto I. (891–913) wurde der Alte Mainzer Dom im Obergadenbereich des Langhauses teilweise repariert, was weitere Proben bestätigen. Ein zweiter Umbau im Frühmittelalter betraf die Rundfenster im östlichen Altarraum und ist um 980 datiert.
Die Grundstruktur des Alten Doms ist an der St. Johanniskirche heute noch deutlich ablesbar. Die dreischiffige Basilika mit vier – seit dem 19. Jahrhundert vermauerten – Langhausarkaden zeichnet sich durch ein im Westen gelegenes Querschiff aus, dessen Arme auch heute noch die Breite der Seitenschiffe aufgreifen. Das Laufniveau der ehemals doppelchörigen Anlage wurde im Lauf der Jahrhunderte mehrfach angehoben und lag im Frühmittelalter etwa 2,80 Meter unter dem derzeitigen Fußboden. Aus dieser Zeit hat sich trotz zahlreicher Umbauten eine große Zahl an Bauteilen bewahrt. In den heutigen Kellerräumen der Kirche sind noch frühmittelalterliche Arkadenpfeiler zu sehen, oberhalb der Arkaden reicht das Mauerwerk des Alten Doms bis unter das Dach. Auch im Bereich der Orgelempore – dem ehemaligen östlichen Altarraum – sind große Teile des frühmittelalterlichen Mauerwerks erhalten.
1036 zog das Domkapitel in den direkt östlich der St. Johanniskirche neugebauten Willigis-Dom. Der Alte Dom wurde zur Stiftskirche umgebaut. Ein weiterer großer Umbau betraf im 14. Jahrhundert den Westchor, der heute in seiner gotischen Form erhalten ist.
Nach der Profanierung im Zuge der Französischen Revolution wurde St. Johannis 1830 zur evangelischen Pfarrkirche.
Quelle: GDKE RLP